מתוך: "מאמרים על ירושלים" > "חיים והווי בירושלים"
במאה ה – 19 התפרצו בירושלים כמו גם במקומות אחרים מחלות ומגפות לעיתים קרובות. הגורמים היו: צפיפות, תנאי תברואה קשים, תזונה ירודה וכד'. המגפות היו: מלריה, דיזינטריה, דבר, כולירע וכד'. לדוגמא: בשנת 1838 פרצה מגיפת דבר ואז סגרו המנזרים את שעריהם, חנויות נסגרו וצליינים עזבו את העיר. בהמשך הוטל סגר על העיר.
אברהם יערי בספרו מסעות ארץ ישראל מביא את מונטיפיורי שביקר בארץ בשנת 1839 ובין השאר מונטיפיורי כותב:
"המושל מירושלים יבקש כי נבוא אל העיר, ואולם יד המחלה מהקטב כבדה מאד בעיר , על כן דעתנו חזקה שלא נעזוב את ההר (הזיתים) הטוב הזה ואוירו הצח עם המחזה הנעים אשר לו סביב".
מגפה נוספת היתה בשנת 1847 ומי שרצה להיכנס העירה חייב היה להיבדק לפני כניסתו.
המגיפה הגדולה ביותר במאה ה – 19 היתה בשנת 1865 היתה זו מגיפת כולירע שגבתה קורבנות רבים. המגיפה הובאה ארצה על ידי אניה שהגיעה מאלכסנדריה. וכתב יהוסף שוורץ בספרו: "תבואות הארץ":
"באלול תרכ"ה (1865) פרצה מחלת הכולירע בכל ערי ארץ הקודש אך ביחוד הכבידה את עולה בעיר הקודש ירושלם. ומטעם הממשלה נגזרה עליה גזירת הסגר. המחלה ארכה 4 חדשים עד כסליו תרכ"ו. אחינו היהודים וביחוד האשכנזים בחרו מקרבם אנשים אמיצי כוח ומסוגלים לעסוק בהצלת החולים. וד"ר ראטהציעגעל – רופא בית החולים לשרי בית ראטהשילד בעת ההיא תמך בידי מפקחי החולים במועצות (עצות) וסמי רפואה, ועל ידם שבו רבים לאיתנם, אך ב – כ"ז בימי התגברות המחלה מספר המתים מעדת האשכנזים לבד כשלושים ליום. מצב ירושלים בעת ההיא היה רע ונורא מאד, כי לפיקוח החולים וקבורת המתים דרוש היה הוצאה רבה, וגם היוקר גבר אז בארץ. אך נדיבי עמנו החישו עזרה ראויה, והפקוא"ם ( הפקידים והאמרכלים – גוף יהודי שמרכזו באמשטרדאם שאסף כספים למען ארץ ישראל) באמשטרדאם מהרו לשלוח נדבות (ובעת הצורך גם על ידי טלגראף) והשר מונטיפיורי הופיע אז כמלאך מושיע וימהר לשלוח לארצנו הקדושה סמי מרפא רבים, וסך 100 לירות שטרלינג להוצאת ניקיון הבתים והחוצות, וסך 300 לירות שטרלינג לתמיכת העניים והחלכאים."
על ד"ר רוטציגל כתב פנחס גרייבסקי בחוברת "זכרון לחובבים ראשונים":
"ד"ר בנימין רוטציגל מבילוגרד מלא גם הוא את תעודתו באמונה ביחוד הצטיין עם ד"ר לוינזון רופא של "ביקור חולים" על שדי הרחמנות לנגועי החולירע. שניהם יחד התמסרו לעבודה הגדולה הזאת – בשנת תרכ"ו לרחם להציל ולהושיע בעת ששלטה המחלה הזאת בכל תוקף בעיר קדשינו, וגם אשתו ובנו יחידו של ד"ר רוטציגל מתו אז, וגם הוא אחריהם ביום ב' אדר. במותו התאבלו עליו כל יושבי ציון וירושלים ויקראו: הוי אדון הוי הודו! מגדולם ועד קטנם לא שכחו את כל טובותיו, כבוד גדול עשו לו במותו, כל הרבנים והחכמים, הפחות והסגנים וכל ההמון באו ללוותו לבית עולמו, ואם כי לא נשאר זכר לאיש היקר הזה בירושלים כי גם אשתו וגם בנו יחידו מתו, הנה מעשיו הטובים יזכרו לו לדור ודור כי הגדיל עשות"
על המגיפה הזו כתב יצחק יעקב ילין בספרו "אבותינו":
המגפה החלה בירושלים ביום ראשון של חוה"מ סוכות 1865. מקור המגפה מצרים שם היא השתוללה במשך הקיץ. בארץ הטילו הסגר על כל אניה שהגיעה משם אבל זה לא עזר והמגיפה החלה בחברון משם עברה ליפו ומשם לירושלים. היו שטענו שמקור המחלה זו הדאגה והעצבות ולכן הוקמה בירושלים חברה בשם "חברת המשפשפים" שטיפלו בחולים באמצעים שונים ובין השאר על ידי שפשוף הגב בשמן וחרדל ומכאן שם החברה. שיטה שניה היתה למגר את העצבות בעזרת הומור ושמחה. הם הסתובבו בעיר עם כלי מוזיקה והופעות מבדחות וניסו לגרש בצורה כזו את המחלה. למחלה הם קראו "בלק" (הקאה שלשול ועוית ביידיש). מספרים שכאשר בני ירושלים שמעו את המוזיקה הזו, זה הגביר מאד את פחדם.
ומספר יצחק יעקב ילין בשם אביו:
מקובל ידוע מחו"ל כתב קמע שהועתק על ידי סופרי סת"ם בירושלים ונמכר לתושבי העיר. פעם אחת באישון לילה התדפק אדם על דלתו של האב שהיה סופר סת"ם וסיפר שגנבו לו את הקמע ושאל האם ברשות האב יש קמע נוסף עבורו. לא היה קמע כזה והזר הלך. למחרת סופר שבאותו לילה הזר נפטר מהמחלה. אחד הנפטרים מהמחלה היה סבא רבא של רובי ריבלין נשיא המדינה.
אחד החולים היה יואל משה סלומון שגם הבריא ממנה, אבל רבים מבני משפחתו נפטרו: אביו, אמו, סבתו ודודו. יואל משה עם חברים היה במצרים וברח משם באניה מפחד המחלה והגיע ליפו. שם אולצו להיות בהסגר 30 יום על הסלעים שמול החוף שם הקימו אוהל. את ההספקה קיבלו בסירה שבאה מהחוף. אבל כל זה לא עזר ובסופו של דבר גם הוא נדבק.
יש הטוענים שאת הדחיפה להקמת שכונת נחלת שבעה קיבלו החברים מהמגיפה ממנה הגיעה התובנה לעבור לגור במקום פתוח ולא בצפיפות של העיר העתיקה.
אחד הטכסים לעצירת המגיפה נקרא "חתונה שחורה". בטכס זה השיאו יתום ויתומה תחת חופה שחורה בבית קברות וזה היה אמור לעצור את המגיפה.
סופה של המגיפה היה בסוף נובמבר כאשר עיתון "המגיד" מסביר זאת :
""גשם שוטף ורוח חזק מפרק כל מחלה ומשבר כל מדווה, ויישא את החולירע"

מתוך אוסף שבדרון – הספריה הלאומית. קובץ זה מופיע תחת הרישיון Creative Commons ייחוס 3.0 לא מותאם.
על מגיפת האסכרה מספר ישעיהו פרס בספרו "מאה שנה בירושלים":
"המצב הסניטרי הרעוע בעיר והמחסור במזון ובמים, ברופאים מומחים ובתרופות מועילות גרמו למחלות, שהתפשטו ועברו מבית לבית ומחצר לחצר והפכו למגיפות, שהפילו חללים רבים…..רבה היתה במיוחד תמותת הילדים בגיל הרך. אימי ספרה לי על מחלת האסכרה, שפגעה במחצית ילדי העיר ( גם לכותב היה אח שנפטר במגפה הזו בגיל 6). המוני העם פנו ברובם לרופאי אליל, שאמרו לרפא את תחלואיהם בלחשים וקמעות, והיו גם "רופאים" אחרים שהשתמשו בתרופות."
לקראת סוף המאה ה – 19 כאשר התברואה השתפרה היתה ירידה בקצב המגפות אבל הן לא פסקו.
על מגיפת הכולירע משנת 1900 מספר אפרים כהן רייס שהיה מנהל בי"ס למל בספרו "מזכרונות איש ירושלים":
"לרגל אית הכולירע שהיתה פרושה בראשית החורף על סביבות ירושלים, היתה ירושלים סגורה על מסגר גם בפני כמה מן התלמידים בני יפו והמושבות, שאחרו את שובם לביה"ס בשני חדשים. לאחר שהוסר ההסגר גברה היציאה מן הארץ, שנתעכבה מפאת המגיפה…..יציאה זו נתנה את אותותיה גם בביה"ס, שהפסיד חלק קטן מתלמידיו."
בשנת 1909 שוב פרצה מגיפה ושוב חזר על עצמו הטכס של ה"חתונה השחורה" ועל זה כתב בן יהודה בעיתונו "הצבי":
"…היש לך דבר יתר מגוחך מהמעשה הזה? …ואפילו רגע, אין העם הזה חושב, כי ימי החשך והבערות עברו, כי המחלות – לא מגבוה נשלחו אלינו. וכמו לפני שלשת אלפי שנה, כן היום, מביט העם הזה בהבל הנעשה לפניו, ברצינות רבה ובאמונה עוד יתר רבה…..בזה העטו היהודים בושה וכלימה על כלל"